吸痰的顺序通常依据吸痰经由的部位不同而有所不同，吸痰分为无人工气道吸痰、经鼻气管插管吸痰、经口气管插管吸痰、经气管切开导管吸痰。无论经由哪个部位吸痰，每次吸痰的时间尽可能控制在15秒左右，若痰液较多，一次无法吸干净，可以分次吸痰。
1、无人工气道吸痰：如果需要吸引口腔、鼻腔或呼吸道内的分泌物，吸痰顺序通常是先选择经鼻吸痰，因为经鼻腔进入鼻后孔后，容易插入咽喉部，吸痰效果好，也可能将吸痰管送入气管。如果患者存在经鼻吸痰的禁忌证，可以经口吸痰。如果患者不配合，无法将吸痰管插入口腔，只能通过翻身、拍背，刺激咽喉部，通过患者咳嗽将口腔内的痰液排出；
2、经鼻气管插管吸痰：在负压关闭的前提下，直接将吸痰管送入经鼻插管，再缓缓将吸痰管送入气管导管尽可能深的部位，遇到阻力可以稍稍旋转吸痰管，当无法深入时才打开负压缓缓吸引，并缓慢旋转，将吸痰管上提。如果痰液黏稠，堵住导管，可以直接旋转抽出吸痰管，之后更换吸痰管，吸干净口腔的分泌物，避免将口腔内的细菌带到下呼吸道；
3、经口气管插管吸痰：在关闭负压的前提下，直接将吸痰管送入经口插管，并缓缓将吸痰管送入气管导管尽可能深的部位，操作方法与经鼻插管相同。气管导管内痰液吸干净后，再用吸痰管吸干净口腔和鼻腔分泌物；
4、经气管切开导管吸痰：在负压关闭的前提下，将吸痰管送入气管切开导管尽可能深的部位，动作轻柔。当无法再深入时，打开负压旋转上提吸痰管，气道内吸痰后再用吸痰管吸引口腔和鼻腔分泌物。如果痰多堵塞了导管，可用灭菌注射用水冲洗吸痰管后再吸痰，必要时需要更换吸痰管。
吸痰的时候要注意密切观察患者的面色、心率、心律、血压和血氧饱和度的变化，一旦发现患者有心律不齐，如心动过速或早搏、血压下降、神志转模糊，应立即停止吸痰，给予氧气吸入。